La conquête et l'occupation arabe
La conquête
L'armée byzantine égyptienne comptait 30 000 hommes, presque entièrement composée de personnes de faible statut militaire. Le patriarche melkite Cyrus chargé par Héraclius, est responsable de la réconciliation des monophysites. En 640, dans la région du califat d'Umar, le général arabe Amr ibn al-As a envahi le pays. En 642, Alexander capitule. Le vainqueur a établi la forteresse Fustat (le Vieux-Caire). Il a réparé le canal du Nil à la mer Rouge, puis a envoyé l'annone à Médine.
L'occupation
Un petit nombre d'Arabes étaient encore des garnisons. Ceux-ci étaient entretenus par le produit des terres qui étaient encore la propriété de l'État. L'appât de cette vie mercenaire, l'appel à la colonisation lancé par les gouverneurs (amil), a considérablement augmenté le nombre d'Arabes. Des capitulations ont laissé aux chrétiens leurs églises qui étaient leurs organisations locales, mais ils ont dû payer des impôts spéciaux: kharadj, la taxe foncière qui a marqué la propriété principale des conquérants musulmans et djizya (capitation).
La série des patriarches melkites a été interrompue de 651 à 742 et leur confession était encore petite. Dans le cas des Coptes monophysites, leur audience a également rapidement diminué: environ 750 personnes, ils ne représentaient qu'un quart de la population.
L'évêque copte qui s'est rétabli rapidement après la persécution était très médiocre. De nombreux chrétiens se convertissaient pour éviter des impôts spéciaux. Le gouverneur a pris des mesures de contrôle strictes, des faux moines abandonnaient la foi chrétienne.
Les Arabes ont eu la sagesse de conserver l'administration byzantine et les Coptes ont servi de fonctionnaires de niveau inférieur. Les restrictions des pays byzantins au commerce extérieur semblaient avoir été levées. Le commerce avec l'Inde se redresse, mais le golfe persique n'était pas toujours plus grand que la mer Rouge.
L'Égypte a suivi le sort du monde arabe pendant deux siècles: les Omeyyades en 661 étaient presque insensibles à l'hérésie islamique. La politique fiscale des Abbassides consistait à utiliser la vallée du Nil comme le seul profit pour les capitales irakiennes, ce qui provoquait des sécessions chroniques des Arabes et des Coptes.