L'Égypte chrétienne
Le christianisme a dû s'infiltrer d'abord dans la communauté juive d'Alexandrie et il n'y a aucun doute que le christianisme a été à l'origine des émeutes qui s'y sont déroulées sous Claude. Par la suite, il a semblé facile de le répandre parmi ces personnes démunies, et à partir du troisième siècle, il a conquis la majeure partie de la population. Les anciens croyaient que les Égyptiens étaient les plus pieux. Le luthéranisme et le monachisme apportaient des caractéristiques primitives à la nouvelle religion. Saint Antoine (250-356) fut le premier anachorète chrétien, il fut placé dans le désert et attirait des disciples qui vivaient dans des huttes isolées comme lui. Saint Pacôme a établi un koinobion (centre de vie commune) dans l'ouest de Thèbes vers 320, où il a rassemblé 2500 moines. Sa sœur Marie a fondé le premier couvent de femmes. L'Égypte chrétienne a essayé de préserver sa culture nationale en adoptant l'écriture copte, mais n'a pas nié le centre intellectuel d'Alexandrie.
Au IIe siècle après JC, le philosophe converti Pantène s'est opposé à l'école des catéchètes. Saint Clément, son élève et son successeur (vers 190), a utilisé le christianisme comme une forme avancée de gnosticisme. Il a dû échapper à la persécution (202) et l'évêque Démétrios l'a remplacé par un jeune Origène qui a mélangé les cultures grecques et bibliques jusqu'à ce qu'il soit déposé et forcé de s'éloigner (vers 230). À la fin du IIIe siècle, caractérisé par une querelle sur la nature du Christ; Arius, le prêtre d'Alexandrie, a nié la divinité du Christ et a été expulsé par l'évêque Alexandre (323) puis par le concile de Nicée (325). Saint Athanase (328-373), successeur d'Alexandre, s'est battu contre l'arianisme et l'empereur qui l'a chassé de la paroisse tout au long de sa vie. À la fin, Théodose s'est prononcé contre la doctrine d'Arius (379) et l'Égypte s'est calmée.
Les personnages importants de l'histoire chrétienne
Les païens ne voulaient pas admettre leur défaite. À la fin du IIe siècle après JC, le philosophe Ammonios Sakkas, qui abandonna le christianisme, créa une école néoplatonicienne à Alexandrie, avec Origène et Plotin comme disciples. L'école a conservé sa tradition intellectuelle jusqu'au jour où la violence de la foule chrétienne l'a forcée à fermer (415). Le culte païen a été interdit par Théodose en 392.